Fontenay-sur-Loing fait partie d’un regroupement de communes dans le cadre d’un Syndicat Intercommunal d’ Intérêt Scolaire (S.I.I.S.). Ce syndicat regroupe les communes de Nargis, Préfontaines, Courtempierre et Fontenay. Il a permis la construction d’écoles modernes parfaitement adaptées aux besoins pédagogiques des enfants et de leurs enseignants et assure une meilleure répartition des frais d’entretien et de fonctionnement.
Le secrétariat est assuré à la Mairie de Préfontaines (Tél: 02.38.28.91.92), mail : siis45@prefontaines.fr
Les différentes écoles se répartissent les niveaux d’enseignement: L’école de Nargis accueille les classes de maternelle (petite, moyenne et grande section), l’école de Préfontaines reçoit les classes de CP, CE1 et une partie des CE2 et les classes de CE2, CM1 et CM2 sont regroupées à Fontenay.
Les inscriptions se font au SIIS à Préfontaines.
Le transport des élèves est assuré par des cars scolaires du Conseil Départemental du Loiret.